Bối cảnh

Blue Archive diễn ra tại thành phố học viện Kivotos, được thành lập bởi hàng ngàn học viện khác nhau. Thành phố được chia thành các quận độc lập với người đứng đầu là chủ tịch của Hội học sinh (General Student Council), một ủy ban liên bang, người điều hành thành phố từ Sanctum Tower (Tòa Thánh địa) với quyền truy cập hồ sơ của tất cả học sinh. Trước khi các sự kiện trong trò chơi diễn ra, chủ tịch đã triệu tập nhân vật của người chơi, một giáo viên được biết đến là Sensei, làm cố vấn của Schale, một ủy ban phi pháp do chính chủ tịch thành lập. Sau đó cô tiếp tục biến mất, để lại các cuộc nổi loạn của hoạt động tội phạm và sự hiện diện của quân đội trong thành phố.

Cốt truyện

Câu chuyện bắt đầu với Sensei, nhân vật của người chơi, đang trò chuyện với chủ tịch hội học sinh. Cô nói với Sensei rằng anh là người duy nhất có thể cứu Kivotos, một thành phố học viện, khỏi thảm họa hiện chưa được biết đến. Sau khi màn hình chuyển sang màu đen, phó chủ tịch hội học sinh, Rin, đánh thức Sensei. Rin thông báo Sensei rằng anh đã được gọi đến bởi chủ tịch hội học sinh để giúp đỡ học sinh ở Kivotos, cô gần như biến mất ngay lập tức khi Sensei được gọi đến. Sensei và Rin bị vô số học sinh làm gián đoạn khi đang nói chuyện, một trong số đó là Yuuka từ Trường Khoa học Thiên Niên Kỷ (Millennium Science School). Sau màn hội thoại, người chơi sẽ được toàn quyền truy cập vào trò chơi và khám phá câu chuyện về Kivotos.

Câu chuyện sau đó được chia thành nhiều phần, được gọi là "tập" (Volume), tập trung vào một nhóm cụ thể của ngôi trường tương ứng, mỗi tập cũng được chia thành các chương (Chapter). Tính đến thời điểm hiện tại, có tổng cộng 4 tập và một tập "final" (cuối cùng) (mặc đù đây không phải là tập cuối cùng của toàn bộ câu chuyện của trò chơi) liên kết các tập đó lại với nhau.